关于2024年度云南省科学技术奖推荐申报项目的公示

各单位：

根据《云南省科技厅关于2024年度云南省科学技术奖提名工作的通知》精神及要求，现将我校2024年云南省科学技术奖推荐项目“云南草果分子遗传多样性研究”予以公示。公示期自2024年4月12日至2024年4月18日，在公示期对公示内容有异议的单位或个人，请在公示期内实名并附书面材料向学校科学技术处反映。

联系人：赖文瑛  龚吉惠

联系电话：0837-3694760

附件：云南草果分子遗传多样性研究

                                                                         红河学院科学技术处

                                                                            2024年4月12日

 附件：

项目名称：云南草果分子遗传多样性研究

候选人1：卢丙越，红河学院，教授

候选人2：马孟莉，红河学院，副教授

候选人3：张薇，红河学院，教授，生物科学与农学学院院长

候选人4：王田涛，红河学院，副教授

候选人5：孟衡玲，红河学院，副教授

候选人6：雷恩，红河学院，副教授，生物科学与农学学院副院长

申报单位∶红河学院

提名单位∶红河州科技局

项目简介：项目研究成果主要由1项国家自然科学基金地区基金项目“云南草果遗传多样性及优异种质筛选（31460380）”和1项校级项目“红河学院第一批中青年学术骨干培养对象（2014GG0101）”的相关研究成果组成。

草果是云南特色作物，兼具药用和食用价值，而关于草果种质遗传方面的研究甚少，特别是分子遗传方面鲜有报道。本项目从分子层面明确云南草果遗传多样性水平，并批量开发草果SSR分子标记；解析草果叶绿体基因组，对豆蔻属叶绿体基因组密码子使用偏性进行分析，获得最优密码子信息。主要研究内容如下：

（1）采用正交设计方法，对草果ISSR、SRAP和SCoT等分子标记的PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs 、引物浓度、Taq DNA 聚合酶及模板 DNA 用量等 5个因素进行优化，得到适于草果的ISSR-PCR、SRAP-PCR和SCoT-PCR反应体系，利用优化的PCR体系开展分子标记多态性引物筛选。利用ISSR、SRAP、SCoT和RAPD等不同类型的分子标记对云南草果种质进行基因型检测，明确云南草果遗传多样性水平及种质间的亲缘关系。

（2）针对草果特异性分子标记不足的问题，利用RAD-Seq对草果进行测序，共鉴定出115,482个SSR位点，并设计出13,411对草果特异性SSR引物对，随机选取100对SSR引物进行验证，其中95对能够在目标区域扩增出条带，64对引物在4份草果样品间存在多态性，进一步利用23对SSR引物分析72份草果种质遗传多样性，效果良好。该研究丰富了草果特异性分子标记，为草果种质鉴定、遗传多样性评价和育种研究提供了有价值的工具。

（3）叶绿体基因组因其保守的基因序列和在植物中的重要作用而被广泛用于物种的鉴定和系统进化分析，该研究对草果叶绿体基因组进行测序、组装、注释和特征分析，构建ML系统发育树，明确草果在姜科的进化地位；进一步对豆蔻属4个物种的叶绿体基因密码子使用偏性和核苷酸组成进行分析，获得18个最优密码子，为后续有针对性的改造草果外源基因密码子，来实现遗传性状改良提供重要参考。

项目发表核心期刊论文共计12篇，其中SCI收录论文5篇，SCI他引18次；CSCD收录论文5篇（其中1篇入选中国知网学术精要高PCSI论文），中国知网CNKI他引71次；授权发明专利3件，授权实用新型专利1件。基于上述研究成果，申请人获云南省作物科技先进工作者称号，并获批国家自然科学基金项目（芳香型中药草果挥发油和1,8-桉油精含量的全基因组关联分析及候选基因挖掘82260735,2022.01-2026.12）；研究团队成员1人入选云南省高层次人才培养计划“青年拔尖人才”、1人获云南省中青年学术与技术带头人称号、1人入选红河州州管专家，6人晋升高级职称。

代表性成果：

（一）授权专利

[1] 卢丙越, 马孟莉, 雷恩, 王田涛, 孟衡玲, 袁盛勇, 刘艳红, 苏一兰, 李春燕, 张薇, 张虹.一种利用ISSR反应体系分析草果遗传多样性的方法. 发明专利, 2021.1.12, 专利号: ZL201710385912.9.

[2] 卢丙越, 马孟莉, 孟衡玲, 王田涛, 雷恩, 李春燕, 张虹, 张薇, 苏一兰, 刘艳红, 袁盛勇. 一种基于SRAP标记的草果种质资源遗传多样性分析方法. 发明专利, 2021.2.23, 专利号: ZL201710384549.9.

[3] 卢丙越, 马孟莉, 王田涛, 孟衡玲, 雷恩, 苏一兰, 李春燕, 刘艳红, 张虹, 张薇, 袁盛勇. 一种利用SCoT分子标记分析草果遗传多样性的方法. 发明专利, 2021.6.3, 专利号: ZL201710384534.2.

[4] 卢丙越，马孟莉，王田涛，孟衡玲. 一种电泳后凝胶对比分析装置. 实用新型专利，2018.10.2，专利号：ZL201820473083.X

（二）论文

[1] Mengli Ma, Tiantao Wang, Bingyue Lu. Assessment of genetic diversity in Amomum tsao-ko, an important medicine food homologous crop from Southwest China using SRAP and ISSR markers [J]. Genetic Resources and Crop Evolution, 2021, 68(6):2655-2667. DOI: 10.1007/s10722-021-01204-6

[2] Bingyue Lu, Mengli Ma, Wei Zhang, Hengling Meng, En Lei, Tiantao Wang, Chunyan Li. Development of 23 novel microsatellite markers of Amomum tsao-ko (Zingiberaceae) based on restriction-site-associated DNA sequencing [J]. Molecular Biology Reports, 2021, 48(2):1943-1949. DOI: 10.1007/s11033-020-06127-6

[3] Bingyue Lu, Mengli Ma, Tiantao Wang, Hengling Meng, En Lei, Wei Zhang. Genetic diversity and genetic relationships of Amomum tsao-ko based on random amplified polymorphic DNA markers[J]. International Journal of Agriculture and Biology, 2018, 20(9):2032-2038. DOI: 10.17957/IJAB/15.0729

[4] Mengli Ma, Bingyue Lu. The complete chloroplast genome of Amomum tsao-ko[J]. Mitochondrial DNA Part B, 2020, 5(1): 848-849. DOI: 10.1080/23802359.2020.1717382

[5] 马孟莉, 张薇, 孟衡玲, 卢丙越. 草果叶绿体基因组特征及系统发育分析[J]. 中草药, 2021, 52(19): 6023-6031.

[6] 马孟莉, 张薇, 孟衡玲, 王田涛, 李春燕, 卢丙越. 豆蔻属药用植物叶绿体基因组密码子偏性分析[J]. 中草药, 2021, 52(12): 3661-3670.

[7] 马孟莉, 孟衡玲, 张薇, 雷恩, 卢丙越. 阳春砂叶绿体全基因组解析及系统发育研究[J].西北植物学报, 2020, 40(06): 978-986.

[8] 马孟莉, 张婷婷, 朱玉逍, 齐国芳, 雷程亮, 王田涛, 卢丙越. 利用SRAP标记分析草果遗传多样性[J]. 分子植物育种, 2020, 18(16): 5428-5435.

客观评价：2024年4月10日，由云南省企业创新研究会主持，组织相关专家对红河学院完成的“云南草果分子遗传多样性研究”科技成果进行会议评价。与会专家听取了成果汇报，审阅了相关评价材料，经质询、答疑和讨论，形成如下评价意见：

一、提供的评价资料齐全规范，数据翔实，符合科技成果评价要求。

二、草果兼具药用食用价值，是云南重要特色作物。针对草果种质分子遗传多样性研究较少，该成果对采自云南不同地域8个居群96份样品开展了分子遗传多样性研究，创新点如下：

1.采用正交设计方法，对草果ISSR-PCR、SRAP-PCR和SCoT-PCR反应体系进行优化，并筛选多态性引物；利用上述分子标记方法对云南草果居群进行基因型检测，明确了其遗传多样性水平及居群样品间的亲缘关系。

2.利用RAD-seq获得草果简化基因组，识别到基因组序列中的115482个SSR位点，设计13411对SSR引物，筛选到64对有效引物，分析了72份居群样品，解决了草果分子标记数量不足的问题。

3.通过草果叶绿体基因组的解析，对豆蔻属叶绿体基因组密码子使用偏性和核苷酸组成进行分析，获得高频密码子信息，为草果遗传性状改良提供重要参考。

三、发表学术论文12篇（SCI论文5篇，CSCD论文5篇，北大核心期刊论文2篇），其中1篇入选中国知网学术精要高PCSI论文；授权发明专利3件、实用新型专利1件；入选云南省高层次人才培养支持计划“青年拔尖人才”1人、云南省中青年学术与技术带头人1人、红河州州管专家1人；晋升高级职称6人。

综上所述，专家组一致认为，该成果在草果分子遗传多样性研究领域达到国内领先水平。